黄公望纪念馆建筑风格是在宋元明留存的画作中截取的相关元素，再加上现代设计师的设计理念，营造的一个古今融汇的仿古建筑。门口走廊柱子全部采用柳桉木等高级木材，雄伟壮观。馆名几个字出自国学大师、西泠印社社长饶宗颐之手。”
整个纪念馆内部共分为1个序厅和3个展厅。序厅走廊尽头有两块称之为“五鹤祥云”的石头，石头上雕刻的正是白鹤。石块上方的墙壁上面写着一首民谣式的诗：“从前，富春江边有个白鹤墩，白鹤墩边有个庙山坞，庙山坞里有个小洞天……”成为展馆中最先被游客所看见的场景。序厅右边则用一块千年阴成木做了一景，使所见之人产生一种历史的苍老感和归隐山林之感，作为展厅的引子。
第一厅是影视厅，此处专供游客欣赏富阳的风光美景以及与《富春山居图》、黄公望有关的一些文化资料，采用图文并茂的形式反映了黄公望从出世到过继，从小时候的博学到两度当书吏，以及牵连入狱等黄公望的传奇一生。
第二厅是整个纪念馆最重头的。在这个厅的西墙上，一条枝丫状的细长条蜿蜒于墙面，反映出《富春山居图》画卷的传奇经历（时间节点），从黄公望绘制好《富春山居图》传给第一个收藏者无用师开始，一直到分割两岸中间的八个时间节点展露无遗。墙边的柜子上，展出的则是1745年乾隆帝错把他当成真迹的《子明卷》。展厅的东墙悬挂的则是百家评论，此处悬挂着16位历代名家对黄公望的绘画技术、技艺及其作品的评论。东墙的柜子上陈列的则是明代沈周的仿《富春山居图》卷。
大厅的正中央，也是展厅中最重要的画柜中陈列的正是《富春山居图》中的《剩山图》和《无用师卷》。此厅的有趣之处，就在于厅中陈设的这三幅作品，看到沈周的那幅就能知道《剩山图》和《无用师卷》中被烧掉的部分；看到《子明卷》就能想到逃过一劫的《无用师卷》，因为《子明卷》上被乾隆皇帝的御览图、题跋写得密密麻麻。
第三厅主要反映黄公望的艺术成就，一是他的绘画理论《写山水诀》，另外则是采集的8幅黄公望存世绘画作品的高仿品。另外一块则是反映富阳历年来促成“山水合璧（圆合）”的心路历程的“富春情缘”版块。
